Kyubi, le démon à neuf queues, attaque le village de Konoha. Minato, le quatrième Hokage, et sa femme Kushina, vont sacrifier leurs vies, pour sauver le village. Avant de mourir ils vont sceller une partie du chakra du démon dans le corps de leur fils... Seize ans plus tard, Naruto et les ninjas de Konoha repoussent une attaque des membres ressuscités de l'Akatsuki. Tout le monde fête la victoire en famille, sauf Naruto. C'est alors que l'homme masqué apparait dans le village. Naruto part à sa recherche avec l'aide de Sakura mais ils se retrouvent pris au piège...
Afin de battre son adversaire Code, Boruto active son kâma ce qui occasionne la prise de contrôle de son corps par la conscience de Momoshiki. Il attaque alors non seulement Code mais aussi Kawaki. Parallèlement, Naruto se met en quête du chakra de Boruto.
Boruto et ses camarades sont attaqués par Code, le survivant de Kara, qui reçoit de l'aide d'Ada. Lorsqu'ils découvrent des marques de griffes à proximité du village, Naruto et les cadres de Konoha renforcent leur surveillance.
Naruto et Kurama passent dans un autre monde lors du violent combat contre Isshiki Otsutsuki. Tandis que le premier risque sa vie pour protéger le village de Konoha, le second parvient à capturer Kawaki en suivant les traces de son chakra. A cet instant précis, un changement survient chez Boruto.
Au cours du combat entre Kashin Koji et Jigen, Isshiki Otsutsuki apparaît sous sa véritable forme. Elle s'en prend à Konoha afin de graver un kâma sur Kawaki et ainsi accomplir sa résurrection. Mais Naruto et Sasuke sont là pour contrecarrer ses plans.
L'ermite Rikudo transmet un pouvoir à Naruto et Sasuke qui les rend capables de sceller Kaguya. Maintenant, il leur reste à trouver un stratagème pour l'approcher. De plus ils sont à nouveau séparés... Les deux héros, réussiront-ils à se retrouver et à mettre un terme au plan démoniaque de Kaguya ?
Suite des aventures de Naruto qui, en dépit de son caractère solitaire, espère devenir maître Hokage, la plus haute distinction dans l'ordre des ninjas.
Amado quitte Kara et se rend à Konoha où il prend Shikadai en otage. Cette situation permet de clarifier certaines énigmes tandis qu'un combat entre Kashin Koji et Jigen commence.
Kawaki, Boruto, Mitsuki et Sarada viennent en aide à Naruto qui est emprisonné dans une autre dimension. Mais ils doivent affronter Boro et son ninjutsu.
Kawaki s'habitue à la vie à Konoha mais Boruto a un mauvais pressentiment. En effet, le kâma de Kawaki se transforme et Jigen apparaît. Naruto l'affronte.
Hachimaru est le dernier à rester dans la course de la battle royale. L'organisateur du tournoi fait son apparition et affirme être une des clés de la boîte de Pandore. Le jeune homme tente de découvrir son identité.
Kawaki est hanté par son passé. Sa cohabitation avec Boruto lui permet de s'ouvrir progressivement au monde et de reprendre confiance. Mais les hommes de Kara, toujours à ses trousses, s'introduisent dans le village de Konoha.
Hachimaru est un jeune garçon malade qui n'est jamais sorti de chez lui. Pour tromper l'ennui, il passe son temps à jouer aux jeux vidéos. Un jour, Daruma, un mystérieux chat-robot, fait irruption dans sa vie. Il lui annonce qu'il peut devenir samouraï et sauver le monde. Une nouvelle force s'empare de Hachimaru.
Hachimaru est un jeune garçon malade qui n'est jamais sorti de chez lui. Pour tromper l'ennui, il passe son temps à jouer aux jeux vidéos. Un jour, Daruma, un mystérieux chat-robot, fait irruption dans sa vie. Il lui annonce qu'il peut devenir samouraï et sauver le monde. Une nouvelle force s'empare de Hachimaru.
La guerre n'est plus qu'un souvenir et la paix s'est installée durablement. Mais un ennemi qui ressemble étrangement à Kaguya apparaît et s'attaque à Killer Bee. Sasuke enquête en secret et rentre pour prévenir Naruto du danger. A Konoha, les étudiants préparent l'examen des ninjas pour passer ninja de moyenne classe. Boruto, le fils de Naruto, doit y participer avec Sarada et Mitsuki.
Alors que la mystérieuse organisation Kara recherche le réceptacle disparu, Naruto et Boruto s'affrontent lors d'un entraînement. Ce dernier est furieux lorsqu'il découvre que Naruto utilise un outil scientifique ninja à son bras droit.
Boruto doit assurer la protection de Tentô, mais il a du mal à supporter son attitude d'enfant gâté. Pourtant, les deux jeunes se rapprochent. Lorsque Tentô se fait kidnapper, Boruto part seul à sa recherche.
A Konoha, Boruto, le fils de Naruto, prépare l'examen qui lui permettra de passer ninja de moyenne classe. Il demande à Sasuke, le compagnon d'armes de son père, de l'accepter pour disciple.
Manga Aventure/Action/Ninjas. Gaara, devenu le kazekage, est enlevé par Akatsuki. Naruto et ses amis se portent au secours de leur allié du village du sable et parviennent à l'arracher à Sasori et à Deidara, ses ravisseurs. Malheureusement, Gaara est déjà mort. C'est alors que la vieille Chiyo décide de se sacrifier pour le ramener à la vie.